基金協会が引き受けた保証債務については、信用基金の「保証保険」か一般社団法人全国農協保証センター（略称「全国センター」）の「再保証」に付しています。

　「保証のしくみ」のとおり、この代位弁済の額が大きくなると、基金協会の業務運営に支障が生じるため、農業信用保証保険制度により代位弁済額の70％（填補率）が保険金として、信用基金から基金協会に支払われ、基金協会の業務のバックアップがされています。（ただし、この受領保険金には、返済義務があり回収があった場合は、70％を信用基金に返納することになっています。また、全国センターの場合の填補率は50％です。）

　この信用補完制度は、農業者等が融資機関から融資を受ける際に付する基金協会の保証制度と、基金協会が融資機関に対して負担する保証債務を引き受ける信用基金と全国センターの保険・再保証制度の二つから成り立っています。